Σαν σήμερα, στις 15 Ιουνίου του 1994 ο Παναγιώτης Γιαννάκης πήρε μεταγραφή από τον Πανιώνιο για τον Παναθηναϊκό.

Σαν σήμερα, το καλοκαίρι του 1994 ο Παναγιώτης Γιαννάκης μεταγράφηκε στον Παναθηναϊκό όπου βρήκε ξανά ως συμπαίκτη το Νίκο Γκάλη και πρόλαβαν να αγωνιστούν μαζί έως την αποχώρηση του Γκάλη λίγο μετά το ξεκίνημα της περιόδου, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε το ρόλο του αρχηγού της ομάδας.

Το 1995 αγωνίστηκε με τον Παναθηναϊκό για 7η φορά στην καριέρα του σε ημιτελικό ευρωπαϊκής διοργάνωσης με αντίπαλο τον Ολυμπιακό στο φάιναλ φορ του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος στη Σαραγόσα.

Ο τραυματισμός του λίγο πριν το ημίχρονο αποδείχθηκε καθοριστικός για την εξέλιξη του αγώνα καθώς ο Παναθηναϊκός που προηγούνταν σε όλη τη διάρκεια που ο Γιαννάκης αγωνιζόταν δεν κατάφερε να αναδειχθεί νικητής, κατέκτησε ωστόσο την 3η θέση, διάκριση που σημείωσε ο Γιαννάκης για 2η φορά στην καριέρα στην κορυφαία ευρωπαϊκή διοργάνωση. Το καλοκαίρι της ίδιας σεζόν κατέκτησε την 4η θέση με την Εθνική Ελλάδος στο Ευρωμπάσκετ της Αθήνας.

Την επόμενη σεζόν ο Γιαννάκης έκλεισε με τον καλύτερο τρόπο την αθλητική του καριέρα. Αρχικά κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας με τον Παναθηναϊκό με συμπαίκτη το Ντομινίκ Γουΐλκινς. Στη συνέχεια ως αρχηγός του Παναθηναϊκού κατέκτησε και σήκωσε το τρόπαιο του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος και πλέον εκτός από πρωταθλητής Ευρώπης σε εθνικό επίπεδο, αναδείχθηκε πρωταθλητής Ευρώπης και σε συλλογικό, μετά από 5 φάιναλ φορ στο θεσμό και τεράστια προσπάθεια και επιμονή από τον ίδιο.

Στο τέλος της ίδιας σεζόν για πρώτη φορά στην καριέρα του, καθώς η Εθνική Ελλάδος μετά το 1952 συμμετείχε για 2η φορά στην ιστορία της σε Ολυμπιακούς Αγώνες, έπαιξε στη διοργάνωση της Ατλάντα το 1996 και κατέκτησε την 5η θέση με την οποία ο Γιαννάκης ολοκλήρωσε την άκρως επιτυχημένη καριέρα του ως παίκτης. Στις 2 Αυγούστου 1996, έχοντας απέναντί του τη Βραζιλία, έπαιξε για τελευταία φορά με τη γαλανόλευκη φανέλα.