Πήγε να προσευχηθεί για την κόρη της και την κόλλησε ευλογιά από τον τάφο. Πέθανε σε τρεις μέρες.

Η ευλογιά είχε χτυπήσει ανελέητα την οικογένεια της Μαρίας Θηρεσίας. Είχε ήδη χάσει παιδιά, νύφες και εγγόνια από την ασθένεια. Τον Μάιο του 1767, η νύφη της, Μαρία Ιωσηφίνα της Βαυαρίας, σύζυγος του γιου της Ιωσήφ Β΄, είχε πεθάνει από ευλογιά. Η ίδια η Μαρία Θηρεσία αρρώστησε λίγο αργότερα, επέζησε, αλλά το σώμα της δεν θα ήταν ποτέ ξανά το ίδιο.

Τον Οκτώβριο της ίδιας χρονιάς, επέλεξε να επισκεφθεί τον τάφο της νύφης της στον οικογενειακό τάφο των Αψβούργων στη Βιέννη. Ήταν μια πράξη πένθους, προσευχής και αφοσίωσης. Μαζί της, για να τιμήσει την μνήμη της οικογένειας, ήρθε και η δεκαεξάχρονη κόρη της, η αρχιδούκισσα Ιωσηφίνα.

Ο τάφος ήταν ακόμα φρέσκος. Η ευλογιά, αν και η ασθενής είχε πεθάνει μήνες πριν, μπορούσε να επιβιώσει για καιρό σε υφάσματα, ξύλο ή κλειστούς, υγρούς χώρους. Η Ιωσηφίνα προσευχήθηκε, άγγιξε ίσως το φέρετρο ή την εικόνα, και γύρισε πίσω στο παλάτι.

Μέσα σε δύο μέρες, εμφάνισε εξανθήματα. Το πρόσωπό της πρήστηκε. Είχε πυρετό, παραληρούσε. Η ασθένεια εξελίχθηκε ταχύτατα. Πέθανε μέσα σε φρικτούς πόνους, χωρίς να μπορεί κανείς να την σώσει. Ήταν μόλις 16 ετών.

Η Μαρία Θηρεσία δεν συγχώρεσε ποτέ τον εαυτό της. Πίστεψε πως εκείνη έφταιγε. Εκείνη την είχε πάρει στον τάφο. Εκείνη την έβαλε να προσευχηθεί δίπλα σε ένα σώμα που έφερε ακόμη τον ιό. Η ιδέα αυτή τη βασάνισε μέχρι το τέλος της ζωής της.

Η μικρή Ιωσηφίνα είχε προοριστεί να παντρευτεί τον βασιλιά Φερδινάνδο Δ΄ της Νάπολης. Με τον θάνατό της, η Μαρία Θηρεσία αναγκάστηκε να δώσει στη θέση της άλλη κόρη της, την Μαρία Καρολίνα. Η τύχη της τελευταίας θα ήταν επίσης δραματική – αλλά η Μαρία Θηρεσία δεν μπορούσε πια να δει τίποτα από καθαρό βλέμμα. Έβλεπε παντού αρρώστιες, απώλειες και μνήματα.

Η ευλογιά που την έθιξε προσωπικά και οικογενειακά την έκανε φανατική υποστηρίκτρια των πρώτων εμβολίων. Διέταξε δοκιμές σε ορφανά, εμβολίασε τα δικά της παιδιά και ίδρυσε το πρώτο εμβολιαστικό κέντρο στη Βιέννη. Πίστευε πως αυτό ήταν το καθήκον της απέναντι στον Θεό – και απέναντι στα παιδιά που δεν κατάφερε να σώσει.