Ήταν άρχοντας σε Χίο, Σάμο, Αχαΐα και Κω. Στην Κωνσταντινούπολη τον φυλάκισαν, τον παρέδωσαν οι δικοί του και τον σκότωσαν την ώρα της λειτουργίας.

Ήταν από τους Ζαχαρία, μια οικογένεια που είχε Γενοβέζικο όνομα, βυζαντινή καταγωγή και βλέψεις για θρόνους. Ο Μαρτίνος Ζαχαρίας ξεκίνησε από τη Χίο, όπου κυβερνούσε σαν βασιλιάς. Έκοβε δικά του νομίσματα, έχτιζε κάστρα χωρίς άδεια και είχε φρουρά από ιππότες και μισθοφόρους. Κυβερνούσε και τη Σάμο, την Κω, ακόμα και κομμάτια της Πελοποννήσου — Χαλανδρίτσα, Βελιγοστή, Δαμαλά. Το Αιγαίο τότε ήταν γεμάτο πειρατές, Τούρκους, Λατίνους και φιλόδοξους μικρούς βασιλιάδες. Κι αυτός ήταν ο πιο φιλόδοξος από όλους.

Πολέμησε με λύσσα τους Τούρκους. Οι Ιταλοί ιστορικοί έγραψαν ότι σκότωσε ή αιχμαλώτισε 10.000 από αυτούς. Οι κάτοικοι των νησιών τον έβλεπαν σαν προστάτη. Οι αντίπαλοι τον έβλεπαν σαν δαίμονα. Ο Πάπας τον τίμησε, του έδωσε εμπορικά προνόμια. Ο Λατίνος Αυτοκράτορας τον ανακήρυξε «βασιλιά και δεσπότη της Μικράς Ασίας». Αλλά οι Βυζαντινοί δεν ξέχασαν.

Όταν αρνήθηκε να υποταχθεί στον Ανδρόνικο Γ΄ και βύθισε τις αυτοκρατορικές γαλέρες που στάλθηκαν να τον πείσουν, η Πόλη θύμωσε. Και όταν κατέβασε το αυτοκρατορικό λάβαρο και ύψωσε το δικό του στη Χίο, η απόφαση πάρθηκε: εκστρατεία. Ο αδελφός του, Βενέδικτος, τον πρόδωσε. Παρέδωσε τα κάστρα του και ζήτησε να γίνει ο ίδιος άρχοντας στη θέση του αδελφού του. Οι κάτοικοι τον εγκατέλειψαν. Ο Μαρτίνος παραδόθηκε.

Τον πήγαν στην Κωνσταντινούπολη. Δεν τον εκτέλεσαν, παρότι το ζητούσε ο λαός της Χίου. Τον φυλάκισαν. Και όταν απελευθερώθηκε χρόνια μετά με παρέμβαση του Πάπα, ήταν πια χωρίς πατρίδα, χωρίς νησί, χωρίς εξουσία. Αλλά όχι χωρίς φιλοδοξία.

Συμμετείχε στην τελευταία μεγάλη σταυροφορία στο Αιγαίο. Έγινε αρχηγός παπικών γαλερών. Έφτασε στη Σμύρνη, πολέμησε τον Ουμούρ Μπέη, οι Σταυροφόροι πήραν την κάτω πόλη. Και τότε, μέσα σε μια απερίσκεπτη στιγμή θριάμβου, ο Λατίνος πατριάρχης κάλεσε όλους τους αρχηγούς σε πανηγυρική λειτουργία. Ο ναός ήταν μετέωρος. Βρισκόταν στο όριο της πόλης και της εχθρικής ακρόπολης.

Οι Τούρκοι τους περίμεναν. Επιτέθηκαν την ώρα της λειτουργίας. Ο Μαρτίνος Ζαχαρίας σφαγιάστηκε μαζί με τον πατριάρχη και σχεδόν όλους τους διοικητές της εκστρατείας. Πέθανε όπως έζησε: με όπλο στο χέρι, με τίτλους αλλά χωρίς κράτος, σε ένα νησί που δεν του ανήκε, την ώρα που ακουγόταν το «Κύριε ελέησον».