Τον πέταξαν έξω απ’ το Πατριαρχείο. Επέστρεψε για να φτιάξει σχολεία, να μοιράσει χρυσές λίρες και να κηρύξει ενάντια στη δουλεία
Έχασε τον πατέρα του μικρός, δούλεψε φτωχός, αναρριχήθηκε μόνος του στην κορυφή και πολέμησε ως Πατριάρχης με όλους όσους ήθελαν μια Εκκλησία υποταγμένη.
Ο Ιωάννης Κοκκώδης ήταν παιδί όταν έμεινε ορφανός. Στην Καλλιμασιά της Χίου, μεγάλωσε μόνο με τη μάνα του, που έβρισκε τρόπους να τον κρατήσει στο σχολείο. Εκείνος όμως ήξερε ότι η γνώση δεν έφτανε. Έπρεπε να ζήσει. Έγινε αρτεργάτης και κανονάρχης, δούλευε την ημέρα, διάβαζε τη νύχτα.
Στην Πόλη ανέβηκε μόνος του. Άντεξε την πείνα και τα πατώματα, υπηρέτησε Μητροπολίτες, έγινε γραμματέας, διάκος, και στα 25 του… επίσκοπος. Δρυϊνουπόλεως πρώτα. Ύστερα Ιωαννίνων. Όμως οι Ιωαννίτες τον ανέτρεψαν. Τον κατηγόρησαν. Ο Πατριάρχης τον έπαυσε και τον εξόρισε στο Άγιο Όρος.
Μα δεν έμεινε κάτω. Όταν ο διάδοχός του αποπέμφθηκε, ο Ιωακείμ επέστρεψε στα Γιάννενα. Ξανά στη Σύνοδο, ξανά στα μεγάλα αξιώματα. Το 1845 στάλθηκε στην Κυζικό. Εκεί δούλεψε 15 χρόνια. Τόσο καλά που όλοι ήξεραν πια πως αυτός θα γίνει ο επόμενος Πατριάρχης.
Τον Οκτώβρη του 1860 εκλέχθηκε Οικουμενικός Πατριάρχης. Είχε όμως εχθρούς. Πολλούς. Μέσα στην Εκκλησία και έξω απ’ αυτήν. Δεν ανεχόταν τους Βούλγαρους στασιαστές και τους καθαίρεσε. Ήρθε σε ρήξη με Ιησουίτες, με Ρώσους, με κατώτερους ιερείς, ακόμα και με τον Σουλτάνο.
Έγραψε επιστολή κατά της δουλείας, υπερασπίστηκε τους μαύρους της Αμερικής. Παρενέβη στον Εμφύλιο των ΗΠΑ μέσω εφημερίδας. Ο πρώτος Πατριάρχης που ύψωσε τέτοια φωνή. Γι’ αυτό και εκθρονίστηκε. Οι ίδιοι που τον είχαν ανεβάσει, τον κατηγόρησαν. Τον έδιωξαν το 1863.
Ξαναγύρισε. Το 1873 εξελέγη ξανά. Γκρέμισε τα παλιά κτίρια του Πατριαρχείου και τα ανακαίνισε. Ίδρυσε σχολή στο Φανάρι, μετέφερε την Πατριαρχική κατοικία, με δικά του λεφτά. Πούλησε την περιουσία του για να ιδρύσει το Ιωακείμειο Παρθεναγωγείο.
Δεν έμεινε μόνο στα σχολεία. Έλυσε το πρόβλημα με τους Ρώσους του Αγίου Όρους. Πήγε να χτίσει συμμαχίες με τους Καθολικούς, τους Αρμένιους, τους Αγγλικανούς. Ήθελε η Ορθοδοξία να σταθεί ξανά στο επίκεντρο.
Όμως οι συγκρούσεις δεν σταμάτησαν ποτέ. Η φτώχεια του Πατριαρχείου ήταν τέτοια που στα τέλη της ζωής του, ούτε τα λειτουργικά έξοδα δεν έβγαιναν. Εκείνος έδινε ό,τι είχε. Ακόμη και όταν ασθένησε.
Πέθανε στις 5 Αυγούστου του 1878. Τάφηκε στη Ζωοδόχο Πηγή του Μπαλουκλί. Δεν είχε αφήσει ούτε περιουσία, ούτε απογόνους. Είχε αφήσει όμως πίσω του έναν θρόνο με υπόσταση, και ένα Πατριαρχείο που –έστω για λίγο– φάνηκε αντάξιο της ιστορίας του.