Ήταν ο σοφότερος Έλληνας της εποχής του. Οι Έλληνες δεν τον άντεξαν και τον εξόρισαν.

Γεννήθηκε το 1716 στην Κέρκυρα με το όνομα Ελευθέριος. Το άλλαξε σε Ευγένιος όταν χειροτονήθηκε διάκονος. Ήταν από τους πρώτους που έφεραν στη νεοελληνική παιδεία τα ονόματα του Νεύτωνα, του Βολταίρου, του Λοκ και του Λάιμπνιτς. Δίδασκε λογική, μεταφυσική, γεωμετρία και φυσική, όταν άλλοι ακόμη δίδασκαν μόνο το “Περί γενέσεως και φθοράς” του Αριστοτέλη.

Το 1742 βρέθηκε στα Ιωάννινα στη Μαρουτσαία Σχολή. Εκεί προσπάθησε να διδάξει φυσική και μαθηματικά. Οι συντηρητικοί τον θεώρησαν αιρετικό. Ο Μπαλάνος Βασιλόπουλος τον πολέμησε με μανία και ο Βούλγαρης αναγκάστηκε να φύγει. Ήταν η πρώτη από πολλές φορές που το ελληνικό σύστημα θα τον εξώθούσε στην έξοδο.

Η επόμενη στάση του ήταν η Αθωνιάδα Ακαδημία. Εκεί δίδασκε τα πάντα: από αριθμητική μέχρι κοσμογραφία. Είχε μεταφράσει ο ίδιος τα βιβλία των Δυτικών φιλοσόφων. Όμως και πάλι, οι εσωτερικές ίντριγκες και η αντιπάθεια του Πατριάρχη Κυρίλλου Ε’ τον ανάγκασαν να φύγει. Τον Ιανουάριο του 1759 αποσύρθηκε στη Θεσσαλονίκη. Οι μαθητές του, ανάμεσά τους και ο Κοσμάς ο Αιτωλός, θα τον θυμούνται για πάντα.

Έπειτα βρέθηκε στην Κωνσταντινούπολη, διδάσκοντας στη Μεγάλη του Γένους Σχολή. Η σύγκρουσή του με τον φανατικό Πατριάρχη Σαμουήλ ήταν αναπόφευκτη. Έφυγε και από εκεί. Έβλεπε την πατρίδα του να διώχνει ξανά και ξανά κάθε τι φωτεινό, κάθε τι νέο.

Το 1763 φεύγει οριστικά από τον ελληνικό χώρο. Πηγαίνει στη Βλαχία και μετά στη Λειψία. Εκεί εκτυπώνει έργα και υποστηρίζει την Ορθοδοξία απέναντι στην προπαγάνδα των Ουνιτών. Η φήμη του φτάνει μέχρι τη Ρωσία. Η αυτοκράτειρα Αικατερίνη τον καλεί.

Φτάνει στη Μόσχα το 1771. Τον επόμενο χρόνο γίνεται ιερέας και το 1776 αρχιεπίσκοπος Σλαβωνίου και Χερσώνος στην Ουκρανία. Για 12 χρόνια υποδέχεται Έλληνες της διασποράς και ζητά την παρέμβαση της Ρωσίας για χάρη των Ορθοδόξων. Παραιτείται μόνο όταν η υγεία του δεν του επιτρέπει πλέον να συνεχίσει.

Από τότε ζει στην Αγία Πετρούπολη και γράφει ασταμάτητα. Πάνω από 50 βιβλία, μεταφράσεις, πραγματείες για την ευθανασία, την ανεξιθρησκία, τη μουσική, την πολιτική, την αστρονομία. Ήταν αυτό που ο ίδιος αποκαλούσε «θεολογών φιλόσοφος». Πίστευε στον Θεό και στη λογική ταυτόχρονα. Ελάχιστοι μπορούσαν να το αντέξουν.

Το 1800 μαθαίνει με συγκίνηση για την ίδρυση της Επτανήσου Πολιτείας. Τη χαρακτηρίζει «πολιτοκρατεία» και βλέπει σε αυτή την πρώτη σπίθα ελπίδας για το ελληνικό έθνος. Πεθαίνει σε ρωσικό μοναστήρι το 1806, σε ηλικία 90 ετών. Στην πατρίδα του, λίγοι θυμούνται το όνομά του.

Ο Ευγένιος Βούλγαρης δεν εξορίστηκε από κάποιο βασιλικό διάταγμα. Εξορίστηκε από την ίδια την Ελλάδα. Τη στενή της σκέψη, τη μικρόψυχη της παιδεία, τον φανατισμό που δεν άντεχε να βλέπει τον ήλιο μέσα από δυτικά παράθυρα. Στη Ρωσία έγινε επίτιμος ακαδημαϊκός. Στην Ελλάδα, έμεινε «επικίνδυνος».