Τον έθαψαν πριν πεθάνει. Είπαν ότι στραγγαλίστηκε στη φυλακή. Τελικά γύρισε και έγινε Πατριάρχης ξανά

Το 1584, η φήμη διαδόθηκε αστραπιαία: ο Οικουμενικός Πατριάρχης Ιερεμίας Β΄ είχε στραγγαλιστεί στη φυλακή. Οι ψίθυροι μιλούσαν για νύχτες τρόμου, για έναν Πατριάρχη που ήθελε να καθαρίσει την Εκκλησία από τα σκάνδαλα, αλλά του έκλεισαν το στόμα. Τον καθαίρεσαν, τον έστειλαν εξόριστο στη Ρόδο, και όλοι πίστευαν ότι δεν θα τον ξαναδεί ποτέ κανείς. Κι όμως, τρία χρόνια μετά, ο «νεκρός» επέστρεψε. Πιο ισχυρός από ποτέ.

Ο Ιερεμίας Β΄ δεν ήταν τυχαίος. Ήταν μορφωμένος, σκληρός, απόλυτος. Δεν δίστασε να απαγορεύσει δια ποινής καθαίρεσης τις πληρωμένες χειροτονίες. Συγκάλεσε Σύνοδο για να επιβάλει την τήρηση των εκκλησιαστικών κανόνων που είχαν σχεδόν ξεχαστεί. Και προκάλεσε πανίσχυρους αντιπάλους, ανάμεσά τους τον Παχώμιο Καισαρείας και τον Θεόληπτο Φιλιππουπόλεως. Οι κατηγορίες που του φόρτωσαν ήταν παράλογες: ότι έκανε γενίτσαρους καλόγερους και βάφτιζε Τουρκάλες. Η σύλληψη του οργανώθηκε από έναν δωροδοκημένο χριστιανό που είχε εξισλαμιστεί. Κι όταν έκλεισε η πόρτα της φυλακής πίσω του, πολλοί θεώρησαν πως ήταν η τελευταία.

Αλλά ο Ιερεμίας δεν ήταν από εκείνους που πεθαίνουν σιωπηλά. Το 1587 επέστρεψε θριαμβευτικά στον Οικουμενικό Θρόνο. Την τρίτη και τελευταία φορά, έγινε πιο δραστήριος από ποτέ. Περιόδευσε ως εκπρόσωπος του Πατριαρχείου στη Ρωσία. Εκεί, υπό την πίεση του Τσάρου Θεόδωρου, παραχώρησε στους Ρώσους την αναγνώριση του δικού τους Πατριαρχείου – αλλά με έναν όρο: να αναγνωρίζουν πάντα την Κωνσταντινούπολη ως «κεφαλή της Ορθοδοξίας».

Δεν ήταν απλώς ένας Πατριάρχης. Ήταν πολιτικός, διπλωμάτης και μεταρρυθμιστής. Απάντησε θεολογικά στους Λουθηρανούς με την «Έκθεση της Ορθοδόξου Πίστεως», έκοψε κάθε διάλογο μαζί τους όταν κατάλαβε πως ήθελαν να αλλοιώσουν την Ορθοδοξία, και επανέφερε την παιδεία ανοίγοντας τα πρώτα ελληνικά σχολεία εκτός Πόλης – στη Σμύρνη, την Πάτμο, την Αθήνα και τα Ιωάννινα. Όλα αυτά σε μία εποχή που η Οθωμανική Αυτοκρατορία δεν συγχωρούσε εύκολα.

Πέθανε το 1595, έχοντας επιβιώσει από καθαιρέσεις, εξορίες, συκοφαντίες και φυλακίσεις. Και μαζί του πέθανε και ο τελευταίος Πατριάρχης που κατάφερε να επιβληθεί σε όλους τους εχθρούς του, ζωντανούς και φαντασμένους.