Έπειτα από σπουδαία καριέρα ο Ντανιέλε Μπονέρα αποχαιρέτησε τη Βιγιαρεάλ ώστε να επιστρέψει στην Μίλαν. Στους «ροσονέρι» θα αναλάβει θέση στο τεχνικό επιτελείο.
Παρά τα κλεισμένα 38 χρόνια του, η Βιγιαρεάλ του προσέφερε ακόμα έναν χρόνο συμβόλαιο. Ο Μπονέρα αποφάσισε να πει όχι. Ο λόγος ήταν φυσικά πως είχε πρόταση από τη Μίλαν για να επιστρέψει. Στο «Σαν Σίρο» αγωνίστηκε για εννέα σεζόν (2006-15). Στο Καμπιονάτο έχει αγωνιστεί επίσης σε Πάρμα και Μπρέσια.
Με τους «ροσονέρι» πανηγύρισε ένα Σκουντέτο (2010) και ένα Σούπερ Καπ (2011). Σε διεθνές επίπεδο κατέκτησε το Champions League του 2007. Χρονιά που σήκωσε και Σούπερ Καπ Ευρώπης, Διηπειρωτικό. Φόρεσε τη φανέλα της Εθνικής Ιταλίας 16 φορές.